Fue erigido durante la administración del primer jefe de Estado y prócer de la Independencia centroamericana Juan Manuel Rodríguez, por artículo constitucional el 12 de junio de 1824. Su cabecera, que es también capital de la República, es la ciudad de San Salvador, fundada por el capitán Gonzalo de Alvarado alrededor del 1 de abril de 1525.
Integran este departamento los distritos de San Salvador, creado en 1786, y los de Santo Tomás y Tonacatepeque (antes de Apopa), creado por Decreto Legislativo el 28 de enero de 1865.