Destacan los ríos Lempa, con un recorrido de 19,5 km en el departamento, y Sucio, con 32,5 km en el departamento; la laguna de Chanmico con un área de 0,78 km² y el volcán de San Salvador o Quezaltepeque con una elevación de 1959 msnm. El departamento tiene una extensión territorial de 1653 km².